La décision du Conseil de la Fondation de vendre le 28 janvier 1998, à New York, chez Sotheby’s, un dessin de Michel-Ange, le Christ et la Samaritaine au puits de Jacob, et le succès considérable de cette vente dotèrent la Fondation de nouveaux moyens et permirent de nouvelles acquisitions, auxquelles contribuèrent également de généreux donateurs et amis.

La Fondation se sépara également d’autres dessins (la Madonna al gatto de Léonard et une carte de Van Gogh à son frère, représentant le Parc d’Arles, puis une série de 47 dessins), par transaction privée et par vente publique, le 23 janvier 2002, à New York, chez Christie’s. Elle fut ainsi en mesure de constituer un Fonds d’acquisitions. Ces décisions ne furent pas faciles, car la collection de dessins faisait partie intégrante du projet de la Collection. Martin Bodmer considérait les dessins « comme l’expression écrite de l’intuition artistique ». La Fondation a cependant gardé une cinquantaine de dessins en étroit rapport avec la Weltliteratur (la bénédiction d’Isaac de Rembrandt, le Tartuffe de Boucher, Virgile et Dante de Füssli, le King John de Shakespeare par Blake, le Faust de Delacroix, le Minotaure de Picasso etc.).

Trois raisons expliquent la position du Conseil : au niveau de l’Etat, la réduction des déficits publics depuis les années 92 et particulièrement en 1997-98, pour le secteur culturel, imposait à la Fondation la nécessité de trouver de nouveaux moyens ; les progrès des connaissances en matière d’histoire de l’art avaient remis en cause de nombreuses attributions concernant les maîtres anciens, ce qui rendait inégale la collection voulue par Martin Bodmer ; enfin, pour demeurer vivante, une collection doit pouvoir continuer à acquérir. Une commission des acquisitions a été constituée au sein du Conseil avec le Directeur pour définir les orientations et le budget.