La structure de la collection se lit selon deux axes : sur son horizontale, comme Martin Bodmer l’imageait souvent devant ses interlocuteurs, se placent le genre de documents, les langues représentées, le contenu des textes et leur groupement. Mais il faut encore tenir compte de la verticale, c’est-à-dire du système selon lequel les œuvres d’un auteur y sont représentées.

« Le cas idéal – appliqué seulement à la littérature proprement dite – est le suivant : en tête se trouvent des spécimens manuscrits de l’auteur ; suivent les éditions originales des ouvrages isolés, puis des œuvres complètes, des éditions critiques et bibliophiles, enfin des traductions.

Aux textes mêmes se joignent les recherches scientifiquessur l’auteur, l’histoire, l’analyse, la bibliographie de ses œuvres. Or, la réunion de ces deux éléments : textes et histoire des textes, comprend l’ensemble de l’auteur ; tous les auteurs, l’ensemble d’une littérature ; puis enfin la réunion de toutes les littératures ainsi conçues forment la « Weltliteratur ». La bibliothèque voudrait en être le reflet. »

Ainsi s’éclaire le principe de catalogage des ouvrages de la collection dans le fichier manuel et de leur classement sur les rayons : deux grandes catégories sont distinguées selon les lettres T (Texte) – titres roses – et G (Geschichte) – titres verts. Il faut toutefois noter que Martin Bodmer gardait une vue lucide sur son entreprise : il en qualifie le projet de très ambitieux (anspruchsvoll), mais il est pleinement conscient que la collection demeurera à jamais fragmentaire (dass die Sammlung stets ein Fragment bleiben wird). Le contraire eût été une absurdité. La solution fut donc de rechercher le document ou l’objet qui acquérait une valeur de symbole pour représenter un ensemble plus large. On ne visait pas à l’exhaustivité (Vollständigkeit), mais on pratiquait la sélection (Auswahl). Il convient de saisir ce qui est universellement valable dans ce qui est typique [voir Eine Bibliothek der Weltliteratur, pp. 33 et 36).