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| L’Évangile selon saint Jean, la plus ancienne copie complète conservée (avec les deux Epîtres de saint Pierre, données à Paul VI par Martin Bodmer en 1969) et le plus ancien codex connu, le célèbre Papyrus Bodmer II. |
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| Les Rétractations de saint Augustin, dans un précieux manuscrit carolingien de la fin du IXe siècle (Codex Bodmer 173). |
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| Plusieurs manuscrits décorés du Coran, dont le Codex Bodmer 544, daté du XVIe siècle (reliure ornée d’époque, écriture naskhi), le Codex Bodmer 542 de 1550, qui avait appartenu à Soliman II, et un manuscrit de 1710. |
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| Le Grand Passionnaire du scriptorium de Weissenau, le Codex Bodmer 127, contenant la signature, exceptionnelle, du frère enlumineur, le moine Rufillus. |
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