Le 6 octobre 1951 fut inaugurée la « Bibliotheca Bodmeriana ». Martin Bodmer avait engagé pour le seconder Mlle Odile Bongard, sa secrétaire et collaboratrice à la Croix-Rouge. Il lui confia l’administration de la maison et lui demanda, en 1962, de reprendre en main l’ensemble de la bibliothèque (plus particulièrement le reclassement alphabétique).

Les premières années à Cologny furent tranquilles, occupées par ses travaux personnels. A la bibliothèque eurent lieu quelques expositions et des visites individuelles de certaines de ses connaissances. Il fut aussi sollicité par de petits groupes désireux de voir sa bibliothèque. A côté, se poursuivait depuis 1953 un exigeant travail, entrepris, avec Odile Bongard, par Victor Martin, Michel Testuz et Rodolphe Kasser pour la publication des papyrus (26 volumes publiés de 1954 à 1969). Le 2 octobre 1967, il fit au Palais de l’Athénée, à Genève, une conférence, qui fut très appréciée, sur « Quelques documents significatifs de la Bodmeriana », accompagnée de deux séries de diapositives.

Peu avant sa mort, Martin Bodmer achevait un livre qui occupait ses pensées depuis 1948 et qui devait être son testament spirituel. Celui-ci comprenait 300 p. environ, accompagnées de 250 p. de schémas selon le témoignage de Jan Janssen, alors aide-bibliothécaire, qui tapa ces derniers à la machine, de l’automne 1962 à mai 1963, puis de septembre1966 quasiment jusqu’au décès. Seule une dactylographie incomplète de l’ouvrage et des parties manuscrites ont été retrouvées sous le titre de Chorus mysticus.

En 1963, à l’occasion de la visite de Paul VI à Genève (à l’Eglise Nicolas de Flue, près de la Place des Nations), Martin Bodmer offrit au Pape 4 feuillets de papyrus détachés d’un codex et contenant les deux Epîtres de Pierre, avec cette dédicace : « Afin que les lettres de Pierre rejoignent la maison de Pierre ». En 1969, alors qu’il fêtait à Rome en famille ses 70 ans, le Saint Père le reçut longuement en privé, au Vatican.

Pour son œuvre, il reçut trois doctorats honoris causa, des universités de Francfort, la ville de Goethe, en 1949, de Genève, en 1958 et de Berne, en 1967. Il fut membre et correspondant de l’académie bavaroise des beaux-arts (en 1953) et cofondateur de la Société internationale des bibliophiles.