Le 26 février 1971, un mois avant sa mort, Martin Bodmer fit don de sa bibliothèque, sise à Cologny, à une Fondation de droit privé, reconnue d’intérêt public, c’est-à-dire accessible au public. Elle abritait plus de 150 000 pièces et elle était considérée comme « l’une des plus belles bibliothèques privées de tous les temps » (Bernard Breslauer). La République et Canton de Genève est représentée de droit au Conseil de Fondation. Dans la séance du 2 avril 1971 du Grand Conseil (le Parlement genevois), le conseiller d’Etat André Chavanne, chef du Département de l’Instruction publique, rendit hommage à la mémoire de Martin Bodmer et salua ce geste généreux qui témoignait de « son souci de faire bénéficier la population et particulièrement notre jeunesse et notre université de richesses culturelles du plus haut prix » (Mémorial des séances du Grand Conseil).
La Fondation Martin Bodmer reçoit une subvention de l’Etat de Genève qui couvre en partie ses besoins et elle bénéficie également d’un important soutien de la Commune de Cologny.
Le deuxième président de la Fondation fut Daniel Bodmer, le fils aîné. Le Conseil était composé des professeurs Denis van Berchem et Bernard Gagnebin, d’André Chavanne et de Me Jean Wuarin. Le premier Directeur de la
Bibliotheca Bodmeriana fut le Docteur Hans E. Braun.
En décembre 1994, le professeur Charles Méla succéda à Daniel Bodmer et, en 1996, le professeur Martin Bircher, au Dr. Hans E. Braun.
Le 21 novembre 2003, est inaugurée, après trois ans de travaux, une nouvelle extension de la Bibliothèque-Musée, conçue par l’architecte Mario Botta, pour mieux faire connaître encore ce patrimoine de l’humanité : elle reçoit le nom de Musée Bodmer.
En janvier 2004, le professeur Charles Méla a repris le poste de directeur, après le départ à la retraite du professeur Martin Bircher et M. Jean Bonna est devenu le nouveau président de la Fondation.
