Martin Bodmer a pensé sa bibliothèque comme un musée. Elle était conçue moins comme un lieu de consultation et de recherche que comme un site où le cheminement de l’humanité vers plus de lumière et de spiritualité, où la longue marche de l’homme à la rencontre et à la découverte de lui-même « deviendra visible » (sichtbar wird). Sans doute eut-elle pour lui l’incomparable attrait d’un lieu mental, hanté par les compagnons invisibles, les esprits fraternels qui par-delà les siècles conversaient avec lui.

Il a voulu ériger un édifice spirituel, mais sur la base matérielle des documents originaux. « La présence, la magie des documents » (Von Zurich nach Weimar, p. 12), « la fascination qui émane des originaux » (Conférence du 2 octobre 1967), voilà le point de départ, « c’est pour cela que nous en venons à l’idée du musée, à la nécessité du musée » (ibid.). Il a résolument adopté « la méthode symbolique, où le spécimen est appelé à représenter un ensemble ». Telle est l’idée conductrice d’ « un musée littéraire », dont l’ambition est encyclopédique, la méthode, symbolique, et la base, matérielle, à savoir le document irremplaçable, unique, chargé d’émotion. Dans son projet de juillet 1970 pour une « Fondation des Collections Bodmer », il considérait comme une des fonctions de celle-ci d’organiser des expositions guidées.

Dans le grand pavillon, Martin Bodmer avait confié à l’architecte zurichois Leupi l’aménagement de la grande salle d’exposition et de ses vitrines. Il s’y ajoutait de petites vitrines dans le sous-sol. Mais il s’est très vite rendu compte que la place manquait et il a cherché les possibilités d’agrandir, côté jardin ou même entre les deux pavillons. La solution retenue fut de creuser sous la terrasse une galerie souterraine reliant les deux bâtiments.

Le vieillissement des installations, les travaux nécessaires d’assainissement ont convaincu le Conseil de la Fondation en 1999 d’agrandir et de renouveler les surfaces d’exposition, en remplaçant la galerie souterraine par un nouveau Musée à la mesure des ambitions de la Collection. La vente du fameux dessin « Le Christ et la Samaritaine au puits de Jacob » apporta les fonds propres nécessaires et un architecte audacieux fut choisi : de Michel-Ange à Mario Botta, un nouveau chapitre de l’histoire de la Bodmeriana, comme lieu de mémoire, s’était ouvert.